1998年3月10日，九届人大一次会议第三次全体会议表决通过关于国务院机构改革方案的决定。 根据这个决定，由地质矿产部、国家土地管理局、国家海洋局和国家测绘局共同组建国土资源部。 保留国家海洋局和国家测绘局作为国土资源部的部管国家局。

按照机构改革方案的说明，新组建的国土资源部的主要职能是：土地资源 、矿产资源、海洋资源等自然资源的规划、管理、保护与合理利用。在国务院机构改革方案中，国务院机构被分为四类：宏观调控部门，专业经济管理部门，教育科技文化、社会保障和资源管理部门，国家政务部门。国土资源部放在教育科技文化、社会保障和资源管理部门一类中，与教育科技文化、社会保障一起作为国民经济发展的基础保障部门，是我国经济发展的后劲所在。这充分突出了国土资源在国民经济中基础地位。

新建立的国土资源部将依照《中华人民共和国矿产资源法》、《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国海洋环境保护法》、《中华人民共和国测绘法》等法律及法规，依法行政。并按照精简、统一、效能的原则，调整组织机构，把部政府职能切实转变到宏观调控、社会管理和公共服务方面来，完善我国的社会主义市场经济体制，建立符合我国市场经济要求的资源管理机制。